一、承擔國家海洋生態環境監測與評價、遠洋與極地生態環境調查任務，負責全國海洋生態環境監測網絡運行、質量控制和技術體系建設。

二、承擔海洋生態環境領域科學研究工作，以及海洋生態環境政策、規劃、標準、規范研究工作。

三、承擔全國海洋生態環境監管、美麗海灣建設及成效評估、重點海域綜合治理、海洋生態保護修復監管、海洋傾倒區選劃技術支持工作。

四、承擔國家核應急海洋輻射監測、海洋輻射環境監測、海洋突發環境事件應急監測技術支持工作。

五、承擔海洋生態環境保護國際公約履約和國際合作交流的技術支持工作。

六、承辦生態環境部交辦的其他事項。